一次地震後，海洋上出現了一座神秘島嶼，芽米在探勘島嶼時發生意外，在島上他遇到會說話的貓頭鷹，並得知島嶼的真身其實是海龜諾亞，芽米希望諾亞能載自己回家，諾亞告訴芽米要修復充能儀器才可以啟航，於是芽米在探索島嶼編寫博物誌的同時幫諾亞修復充能儀器，開啟一段目的地為“家”的航程。